Ada 3 pokok persoalan dari pemikiran paradigma keilmuan Islam Kuntowijoyo yang dikaji dalam buku ini, yaitu pertama persoalan konstribusi paradigma keilmuan Islam Kuntowijoyo; Kedua persoalan landasan filosofi paradigma Islam; dan ketiga persoalan prospek paradigma Islam dalam pembangunan ilmu yang integralistik.
Prosedur penulisan untuk memperoleh data dilakukan melalui studi kepustakaan, konsultasi dan diskusi. Adapun tahapan penyusunan buku ini melalui langkah-langkah : Pengumpulan data, interpretasi data dan penulisan. Pengumpulan data dilakukan untuk menemukan dan menghimpun sumber-sumber informasi yang relevan dengan penelitian; interpretasi data dilakukan pada tahap penyusunan fakta dalam kerangka logis dan harmonis, sehingga menjadi kesatuan yang utuh; sedangkan penulisan adalah tahap ketika hasilinterpretasi dituliskan secara sistematis, logis, harmonis, dan konsisten baik dari segi kata maupun alur pembahasan. Pendekatan yang digunakan adalah filsafat ilmu.
Kesimpulan penting buku ini adalah pertama konstruksi paradigma Islam Kuntowijoyo dalam pembangunan ilmu yang integralistik berpijak pada semangat pengilmuan Islam; kedua landasan filosofi paradigma Islam terbangun dari nilai-nilai keislaman, keindonesiaan dan kemoderenan; ketiga paradigma Islam dinilai memiliki prospek yang cukup kuat dalam melahirkan ilmu-ilmu keislaman yang relevan dengan realitas dan kebutuhan umat Islam.